電子目鏡也有其缺點，首先是圖像質量遭到損壞。其次，聚焦麻煩。因此電子目鏡與普通目鏡各有利弊，可選擇性使用。現(xiàn)今主流的顯微鏡成像系統(tǒng)則綜合以上兩者優(yōu)點，這種三目顯微鏡的數(shù)碼CCD不但成像質量優(yōu)異，同時還能進行各種圖片處理，報告打印等功能，為顯微鏡成像的。